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一応できた。おやつのあんみつがよかったか。

trt<-c("a","b","c")
d<-c(0,1,3)
n<-c(3,3,1)
　
m<-matrix(c(d,n),nrow=3)
r<-as.vector(t(m))
　
trt1<-rep(trt,n+d)
response<-rep(rep(0:1,3),r)
dat <- data.frame(trt1,response)

　
071003追記（こっちのほうがいいか）

# 別解
trt<-c("a","b","c")
d<-c(0,1,3)
n<-c(3,3,1)
　
r<-as.vector(t(cbind(d,n)))
　
trt1<-rep(trt,n+d)
response<-rep(rep(0:1,3),r)
dat <- data.frame(trt1,response)